Období johanitů
Řád johanitů vznikl již roku 1048 v Jeruzalémě na počest Jana Křtitele, přičemž jeho původním posláním bylo pomáhat potřebným, avšak v důsledku křížových výprav byli v roce 1113 přetransformován na duchovní řád rytířského charakteru, který se zodpovídá přímo papeži. V nadcházejících stoletích byli často nuceni měnit svá působiště, když nedokázali odporovat rozpínání některých mocností. Roku 1309 se usadili na Rhodosu. Avšak i tento řecký ostrov byl nakonec roku 1522 dobyt tureckými řadami, a tak řád opět neměl, kde se usadit. Poté se jako varianta objevily maltské ostrovy, které dal císař Karel V. Maltézskému řádu v léno. Přes počáteční nevoli obyvatel Malty, v rytířském řádu po čase uviděli i určitá pozitiva, což se později projevilo a nakonec zde byli prospěšní.
Leč až do těchto míst sahaly pomyslné drápy Turecké říše a mezi roky 1547-1551 zasadili Osmané Maltě a johanitům drtivý úder, ostrovy byly zpustošeny a obyvatelstvo odvedeno do otroctví. O pár let později se schylovalo k veledůležité bitvě, když na jedné straně stanul sultán Sulejman I., který zamýšlel konsolidovat mocenský pořádek ve Středozemním moři, a na straně druhé velmistr rytířského řádu Jean Parisot de la Valette odhodlaný ubránit maltu. Druhý jmenovaný při bezprostředně hrozící konfrontaci žádal v Evropě o pomoc, ale nedostalo se mu žádné reflexe.
A tak 18. května 1565 vypukla obrovská bitva, kde johanité, maltské obyvatelstvo a určitý počet španělských a italských žoldnéřů museli čelit pětinásobné přesile a to neuvažujeme kvalitu bojovníků. Boje byly dlouhé a nesmírně krvavé a když později s vojenskou pomocí přišel místokrál Sicílie Garcia de Toledo, mohutný turecký útok byl 7. září zázračně odražen. Navzdory tomu, že Malta byla téměř srovnána se zemí a málem přišla o zalidnění, byl to jak pro Malťany, tak pro křesťanskou Evropu převeliký úspěch.
Zničující události předešlých let vyburcovaly maltskou společnost a především De la Valetta k zahájení výrazného opevňovací procesu a budování obranných prostředků. Také došlo k položení základního kamene nového hlavního města situovaného na poloostrově Sceberras a metropole dostala jméno po udatném veliteli Valettovi, avšak v rámci poitalšťování se nazývalo Valletta. Město si vzal na starost po projektové stránce italský architekt Francesco Laparelli a po jeho smrti ve výstavbě pokračoval jeho žák Gerolama Cassara.
V této době - druhé polovině 16. století se zde utvořila nová správní struktura. Zavládala zde národností a jazyková pestrost, a tak se Řád rozdělil do určitých sektorů( tři francouzské, italský, anglický, německý, aragonský, kastilský a portugalský), kde si každý z nich postavil své sídlo zvané Auberge. Tak byla Malta členěna na jednotlivé správní jednotky, přičemž ve vedení každé byl takříkajíc pilier. Tato epocha se vyznačovala obecně hojnou výstavbou všeho druhu, hospodářského rozkvětu a obyvatelstvo bylo pod nenulovým vlivem katolické víry. Navzdory některým neblahým událostem či obdobím, jako třeba epidemii moru nebo roku 1693 zemětřesení, si stát uchovával svoji stabilitu a poměrně velkou prosperitu.
Leč s postupem času komunita Řádu, a tím i Malta nabrala degresivní směr a to z několika příčin. Obecně Malta ztrácela na důležitosti – jednak z obchodního hlediska, když byly objeveny nové námořní cesty za orientálním zbožím na Východ a převratně do Ameriky a dalším faktorem byl fakt, že se v podstatě vytratila hrozba ze strany Turků. Avšak maltský stát nepodléhal úpadku pouze z důvodu externích vlivů, ale rytířský řád se rozkládal zevnitř – upadala morálka a přísun peněž se rytířům značně omezil po revoluci ve Francii. To vše resultovalo v příchod éry chudoby a strádání.
V roce 1798 zahájil egyptské tažení legendární francouzský vojevůdce Napoleon Bonaparte a hned téhož roku stanul před maltskými ostrovy, ti před ním ihned kapitulovaly a braly ho spíše jako osvoboditele než okupanta. Avšak jejich naivní naděje došly značného otřesu, když zde Francouzi zahájili nelítostné plenění. Po čase už Malťané nehodlali snášet tento útlak, a tak vše vyvrcholilo v osmiměsíční revoltu. Aby měla Malta vůbec šanci, tak se obrátila na Sicilské království, jež žádost vyslyšelo a společně se spřízněnými vojenskými útvary Britů, se jim postupně povedlo francouzské okupanty v letech 1798-1800 vypudit, o což se zasloužil především britský kapitán Alexandr Bell.
Nově vzniknuvší situace zprvu vypadala, že Malta nebude nadále s Brity nijak svázána. Nasvědčovala tomu mírová smlouva z Amiensu stvrzená roku 1802, jež určovala, že se maltský stát vrátí do rukou Řádu maltézských rytířů pod protektorátem Království obojí Sicílie, což se setkalo se značným odporem domácího obyvatelstva, tudíž souostroví dále spravovali Angličané.